Na 57 jaar in de ruimte in hyperslaap te hebben rondgezweefd, wordt Ripley (Sigourney Weaver) door een bergingsschip gered. De Firma vindt haar verhaal over de Alien ongeloofwaardig. Op LV-426 blijken al 20 jaar zoâ™n 60 gezinnen te leven, die de planeet voorbereiden voor bewoning. Ripley wordt na een korte hoorzitting onder psychisch toezicht geplaatst en verliest haar vliegbewijs. Na enige tijd neemt Burke (Paul Reiser), een vertegenwoordiger van de Firma contact met Ripley op. Er worden geen levenstekens van LV-426 meer vernomen. Een groep mariniers wordt gestuurd om polshoogte te nemen, Ripley en Burke gaan mee. Eenmaal op LV-426 aangekomen, blijken alle gebouwen verlaten en lijkt er een veldslag te hebben plaatsgevonden. Het meisje Rebecca “Newt” (Carrie Henn) wordt als enige overlevende gevonden. Verder ontdekt Ripley het bewijs dat een Alien inderdaad aanwezig is. Als snel moet de groep een haast ongelijke strijd leveren tegen vele Aliens.
Ellen Ripley, the sole survivor of the alien attack on the mining ship Nostromo, awakens half a century later when she is found by a salvage ship. The welcome given to her by the "Company" officials is far from warm, since they refuse to believe her discovery of alien existence and strip her off her flight officer's license. Ripley also discovers, much to her horror, that the planet LV-426 where her crew had encountered an alien species for the first time, is now colonized by the company. But when all contact from the planet is lost Ripley is called back into action again as an advisor to a team of tough space marines with lots of firepower. To get rid of her recurrent nightmares about the alien creature, Ripley prepares for a final battle with the monsters - and this time, there are hundreds of them out there.