Michael komt erachter dat Sara nog leeft. Michael, Sara en Lincoln willen een nieuw leven beginnen, maar dat plan wordt al snel gedwarsboomd. Lincoln en Michael worden allebei opgepakt door de politie en kijken tegen een behoorlijke gevangenisstraf aan. Dan komt er een agent van Homeland Security genaamd Don Self. Hij biedt hen hun vrijheid aan in ruil voor het neerhalen van The Company. Ze moeten daarvoor een geheugenkaart bemachtigen met de codenaam Scylla. Al snel blijkt het mis te gaan: er zijn zes kaarten in totaal. Wanneer Self zijn superieuren hiervan horen besluiten ze de missie af te blazen. Terwijl Michael en zijn 'crew' (bestaande uit: Fernando Sucre, Brad Bellick, Alexander Mahone, Sara Tancredi en Lincoln) bezig zijn met het zoeken van de tweede kaart, komt Homeland Security ze arresteren. De meesten van hen slaan op de vlucht en vinden de locatie van de tweede kaart. Michael gaat erop af en de rest wordt gepakt. Uiteindelijk geeft Michael zich over, maar niet voordat hij een video heeft gemaakt van alle kaarthouders. Deze video overtuigt Don Self om met deze missie door te gaan, maar hij krijgt geen hulp meer van zijn superieuren. Uiteindelijk weten Michael en zijn crew alle 6 de kaarten te bemachtigen en breken ze in bij The Company om Scylla te bemachtigen. Ook dit lukt maar niet zonder slag of stoot. Uiteindelijk blijkt dat Don Self zich ook tegen de crew van Michael keert nadat zij Scylla aan hem hadden overhandigd. Ze zijn erin geluisd.
Michael gaat met zijn team op zoek naar Self en Gretchen voor de wraak voor het stelen van Scylla. Later blijkt dat Michael erg ziek is en alleen de company hem kan helpen, maar in ruil daarvoor wil The General dat Lincoln samen met Mahone Gretchen en T-Bag Scylla weer naar hem terugbrengt.